חודש ספטמבר היה חם מהממוצע הרב שנתי המבוסס על השנים 2000-1981 בשעות היום והלילה. בהתייחס לממוצע לחודש ב-10 השנים האחרונות (2007-1998) היה ספטמבר חם במעט מהממוצע בשעות היום בדרום הארץ ובהרי המרכז. במישור החוף ובצפון הארץ ספטמבר 2008 היה קריר במעט בהשוואה לממוצעי 2007-1998. בשעות הלילה היה ספטמבר 2008 חם מהממוצע בכל הארץ גם ביחס ל-10 השנים האחרונות.
בימים האחרונים של החודש ירדו גשמים ברחבי הארץ. הדבר איננו נדיר בחודש ספטמבר, אך במספר תחנות במרכז הארץ היו כמויות לא שכיחות לחודש זה.

מזג האויר במהלך החודש
בחלקו הראשון של ספטמבר (עד ה-12-11 בחודש) הטמפרטורות היו גבוהות מהממוצע. הדבר בלט במיוחד בפנים הארץ ובהרים שם הן היו גבוהות מהממוצע (לשנים 2000-1981) בכ-2 מ"צ.
ב-12 בחודש חלה התקררות של כ-6-4 מ"צ באזורים הפנימיים, אולם ב-14 בחודש חלה התחממות בשיעור דומה, ועד ה-17 בחודש שרר פרק חם.
לאחר פרק קריר יותר ב-20-18 בספטמבר חלה התחממות וב-22 בחודש שרר שרב. בעמקי הצפון ובנגב נמדדו 38-36 מ"צ, במישור החוף ובשפלה 35-33 מ"צ ובהרים 32-31 מ"צ.
ב-23 בחודש היתה התקררות ניכרת, אולם ב-25 בחודש שוב שרר שרב. ב-26 בחודש היתה התקררות וגשם ירד בצפון הארץ ובמרכזה. גשם ירד גם ב-27 בחודש, ופרק נוסף של גשם היה ב-30 בחודש (א' ראש השנה) בשעות הבוקר המוקדמות.

הטמפרטורת בספטמבר 2008 בהשוואה לממוצעים

גשם
ברוב התחנות בצפון הארץ ובמרכזה נמדדו כמויות גשם של עד 6-3 מ"מ, אולם היו מספר מקומות בהם היו הכמויות גדולות יותר. בצפון רמת הגולן נמדדו למעלה מ-20 מ"מ, באזור שבין מישור החוף הדרומי, השפלה הדרומית והרי ירושלים נמדדו 15-8 מ"מ ובאזור השרון 14-6 מ"מ. מעניין לציין שהגשם הגיע עד לצפון הנגב.

השוואה לעבר:
גשם בספטמבר יורד כמעט מדי שנה, אולם בדרך כלל מדובר בכמויות קטנות (פחות מ-1 מ"מ) וכמויות גדולות יותר באופן מקומי בלבד. מדי כמה שנים מתרחש בספטמבר אירוע בו הגשמים אינם מקומיים בלבד באופיים, ויורדות בו כמויות של 10-5 מ"מ ומעלה בצפון הארץ ובמרכזה. לאחרונה היו אירועים כאלה בספטמבר ב-2000, ב-1997, ב-1994 וב-1986. יש לציין שגם ב-2006 וב-2005 היו אירועי גשם בספטמבר אולם הכמויות היו קטנות יותר.
יש לציין שהיו כמה תחנות בהן כמות הגשם שנמדדה השנה היו חריגות – הכמויות שנמדדו בירושלים מרכז, בנחשון ובצובה הן הגדולות ביותר בספטמבר ב-60 השנים האחרונות.