המרכז הבינלאומי להדרכה במטאורולוגיה יישומית נוסד ב-1963 במסגרת השרות המטאורולוגי הישראלי. כיום הוא מוסד הדרכה בינלאומי המוכר ע"י הארגון המטאורולוגי העולמי (WMO) כמרכז הדרכה אזורי (RMTC). בטכס הנחת אבן היסוד למכון המטאורולוגי בבית דגן הצהיר ראש הממשלה המנוח מר דוד בן גוריון, בנוכחות המזכיר הכללי של ה- WMO מר וויון (Vion), כי הבית הזה ישמש גם כמרכז הדרכה בינלאומי, במיוחד לארצות מהעולם המתפתח.

מאז הקמתו ב-1963, השתתפו בקורסים הבינלאומיים ובסדנאות שאורגנו ע"י המרכז יותר
מ-3,600 מטאורולוגים, הידרולוגים, אגרונומים ואנשי מדע מתחומים שונים. הקורסים והסדנאות הקיפו קשת רחבה של נושאים במטאורולוגיה יישומית, בעיקר במטאורולוגיה חקלאית ובמטאורולוגיה של משק המים.

מרכז ההדרכה בבית דגן (RMTC) הינו מפעל משותף לשרות המטאורולוגי הישראלי, המרכז לשיתוף פעולה בינלאומי של משרד החוץ (מש"ב) והארגון המטאורולוגי העולמי (WMO).

הקורסים והסדנאות המתקיימים מדי שנה מקיפים מגוון רחב של נושאים בעלי עניין מיוחד לארצות מתפתחות וארצות עם כלכלה במעבר (בעיקר מזרח אירופה), כולל מטאורולוגיה חקלאית בסיסית, מודלים מטאורולוגיים לחיזוי יבולים חקלאיים, הידרומטאורולוגיה, שימוש יעיל במקורות המים ומשאבי אקלים, נזקי קור וחום בחקלאות, ארגון וניהול מאגרי נתונים אקלימיים, והשפעת השינויים האקלימיים על משק החקלאות, משק המים ואיכות הסביבה.

הקורסים בארץ נמשכים כ-שבועיים עד שלושה שבועות, והם מאוד אינטנסיביים. הקורסים שמים דגש מיוחד על ישום הידע המטאורולוגי והאקלימי בתכנון ובניצול מקורות הטבע והאקלים. תוכנית הלימודים כוללת גם סיורי שדה והדגמות, פגישות ושיחות עם אנשי מקצוע ודיונים עם משרדים אזוריים ושירותי שדה.

מרכז ההדרכה הבינלאומי מקיים מדי שנה גם קורסים, סמינריונים וסדנאות בחו"ל. קורסים אלה מתקיימים באסיה, באפריקה, באירופה ובמרכז ובדרום אמריקה. נושאי הקורסים ורמתם האקדמית מתאימים לצרכים של הארצות המארחות. בחירת המסגרות והתכנים של פעולות ההדרכה בחו"ל נעשים במשותף בין המרכז והמוסד המארח. בקורסים אלה משתתפים כ-80 עד 120 אקדמאים וטכנאים מהמדינה המארחת וכן ממדינות שכנות.